Trzecim stopniem oczyszczania jest labiryntowa przepływowa komora - laguna hydroponiczna, czyli sztuczna rzeka. Symuluje ona w zintensyfikowanej formie procesy samooczyszczania zachodzące w rzekach i ma na celu ostateczne doczyszczenie i naturalizowanie ścieków oczyszczonych do stanu jak najbardziej zbliżonego charakterem hydrobiologicznym do wód odbiornika, jak również pełni ważną funkcję zbiornika buforowego, który w czasie awarii przejmie niedoczyszczone ścieki.

    Ten element oczyszczalni ma szczególne znaczenie w przypadku oczyszczalni przemysłowych, stanowi bowiem dodatkowe zabezpieczenie wód odbiornika. Jest to bardzo ważne zwłaszcza, gdy odbiornik ścieków oczyszczonych jest specjalnie chroniony - np. programem NATURA 2000.

    Przepływ labiryntowy uzyskano poprzez przedzielenie laguny panelami biologicznymi, które służą jako siedlisko dla organizmów poroślowych (perypchyton) oraz jako podkład pod zespoły korzeniowe. System ten znany jest i stosowany również jako różnego rodzaju bariery biologiczne.

    Przepływ oczyszczanych ścieków przez tak dobraną i skonstruowaną lagunę hydroponiczną gwarantuje uzyskanie najwyższych klas czystości oczyszczonych ścieków. Nawet w sytuacji, kiedy odbiornik nie mieści się w tej klasie, to zrzut powoduje rozcieńczenie jego wód i poprawia ich jakość.

    Aby zapewnić prawidłową pracę laguny przez cały rok jest ona izolowana od wpływu warunków zewnętrznych. Uzyskano to, przykrywając ją poliwęglanem komórkowym, który oprócz przeźroczystości i bardzo dużej wytrzymałości mechanicznej jest również bardzo dobrym izolatorem termicznym. Ponadto pod wspólnym przykryciem całej oczyszczalni zachodzi swoisty mikroobieg - produkty gazowe strefy heterotroficznej są pochłaniane przez organizmy autotroficzne (rośliny na złożu) i odwrotnie tlen produkowany w tej strefie jest zużywany do wzbogacenia powietrza dozowanego przez dmuchawy aeratorów do strefy cudzożywnej. Stanowi to prawie autonomiczny system regeneracji atmosfery i to również ma kapitalne znaczenie przy ustalaniu strefy wpływu oczyszczalni na otoczenie.